Preview

Astrakhan medical journal

Advanced search

DEVELOPMENT AND TESTING TEST SYSTEMS FOR THE EARLY DETECTION OF BURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX DNA IN SPUTUM BY POLYMERASE CHAIN REACTION IN CYSTIC FIBROSIS

https://doi.org/10.17021/2019.14.3.71.79

Abstract

Burkholderia cepacia complex bacteria are the most prognostically adverse pathogens in cystic fibrosis. Strains are characterized by pronounced transmissibility and ability to spread among patients. Early detection of these bacteria is a necessary condition for eradication and prevention of spread in a hospital. The study of sputum by polymerase chain reaction is included in the list of examinations of patients with cystic fibrosis in Europe, but is not used in routine practice in Russia yet. Development and approbation of 2 test systems for early detection of Burkholderia cepacia complex DNA in sputum by polymerase chain reaction was carried out. The results allow to speak of implementing these studies in the routine practice of laboratories of cystic fibrosis centers in the Russian Federation.

About the Authors

O. V. Kondratenko
Samara State Medical University
Russian Federation


D. A. Viktorov
TestGene LLC
Russian Federation


A. N. Toropovskiy
TestGene LLC
Russian Federation


Y. V. Nazarova
TestGene LLC
Russian Federation


A. V. Zhestkov
Samara State Medical University
Russian Federation


D. F. Sergienko
Astrakhan State Medical University
Russian Federation


S. A. Krasovskiy
Research Institute of Pulmonology; Medico-Genetic Scientific Center named after academician N. P. Bochkov
Russian Federation


References

1. Афанасьева, М. В. Выживаемость взрослых больных муковисцидозом с хронической инфекцией респираторного тракта, обусловленного микроорганизмами Burkholderia cepacia complex / М. В. Афанасьева, Е. Л. Амелина, А. В. Черняк, И. Н. Бутюгина, О. Ю. Грачева, И. А. Шагинян, С. В. Поликарпова, М. Ю. Чернуха, Л. Р. Аветисян, Е. И. Кондратьева, А. В. Аверьянов, С. А. Красовский // Практическая пульмонология. - 2018. - № 1. - С. 60-64.

2. Воронина, О. Л. Характеристика генотипов штаммов Burkholderia cepacia complex, выделенных от больных в стационарах Российской Федерации / О. Л. Воронина, М. Ю. Чернуха, И. А. Шагинян, М. С. Кунда, Л. Р. Аветисян, А. А. Орлова, В. Г. Лунин, Л. В. Авакян, Н. И. Капранов, Е. Л. Амелина, А. Г. Чучалин, А. Л. Гинцбург // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2013. - № 2. - С. 22-30.

3. Красовский, С. А. Динамика показателей национального регистра больных муковисцидозом за 2011-2017 года / С. А. Красовский, Е. Л. Амелина, Н. Ю. Каширская, А. Ю. Воронкова, О. Г. Зоненко // Сибирское медицинское обозрение. - 2019. - № 2. - С. 14-18.

4. Красовский, С. А. Инфицирование респираторного тракта микроорганизмами B. cepacia complex как неблагоприятный прогностический фактор у больных муковисцидозом / С. А. Красовский, М. В. Афанасьева, Е. Л. Амелина, А. В. Черняк, И. А. Шагинян, С. В. Поликарпова, Л. Р. Аветисян, М. Ю. Чернуха, О. Г. Зоненко, И. Н. Бутюгина // Сибирское медицинское обозрение. - 2019. - № 2. - С. 89-94.

5. Baldwin, A. Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex / A. Baldwin, E. Mahenthiralingam, K. M. Thickett, D. Honeybourne, M. C. Maiden., J. R. Govan, D. P. Speert, J. J. LiPuma, P. Vandamme, C. G. Dowson // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol. 43, № 9. - P. 4665-4673.

6. Cystic Fibrosis Foundation. Cystic Fibrosis Foundation Patient Registry : 2017 annual data report. Bethesda, MD: Cystic Fibrosis Foundation; 2018. - Режим доступа : https:// www.cff.org/Research/Researcher-Resources/Patient-Registry/2017-Patient-Registry-Annual-Data-Report.pdf, свободный. - Заглавие с экрана. - Яз. англ. - Дата обращения : 23.09.2019.

7. Dedecova, K. Novel diagnostic PCR assay for Burkholderia cenocepacia epidemic strain ST 32 and its utility in monitoring infection in cystic fibrosis patients / K. Dedecova, L. Kalferova, H. Strnad, J. Vavrova, P. Drevinek // J. Cyst. Fibros. - 2013. - Vol. 12, № 5. - P. 475-481.

8. Dedekova, K. PCR detection of Burkholderia cepacia complex as one of key factors to handle a long-term outback / K. Dedekova, L. Fila, V. Skaliska, J. Bartosova, T. Kucerova, V. Vavrova, D. Zemkova, L. Kalferstova, O. Melter, O. Cinek, P. Drevinek // J. Cyst. Fibros. - 2012. - Vol. 11, № 5. - P. 440-445.

9. Dedekova, K. A novel diagnostic PCR for identification of highly transmissible Burkholderia cenocepacia ST32 infection / K. Dedekova, L. Kalferstova, J. Vavrova, P. Drevinek // J. Cyst. Fibros. - 2012. - Vol. 11. - P. S85. doi: 10.1016/S1569-1993(12)60283-5.

10. Dedekova, K. The role of PCR in early diagnosis and monitoring of infection with Burkholderia cepacia complex / K. Dedekova, O. Cinek, O. Melter, P. Drevinek // J. Cyst. Fibros. - 2010. - Vol. 9. - P. S27. doi: 10.1016/S1569-1993(10)60104-X.

11. Drevinek, P. Widespread clone of Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis patients in the Czech Republic / P. Drevinek, S. Vosahlikova, O. Cinek, V. Vavrova, J. Bartosova, P. Pohunek, E. Mahenthiralingam // J. Med. Microbiol. - 2005. - Vol. 54, Pt. 7. - P. 655-659.

12. Drevinek, P. Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis : epidemiology and molecular mechanisms of virulence / P. Drevenik, E. Mahenthiralingam // Clin. Microbiol. Infect. - 2010. - Vol. 16, № 7. - P. 821-830.

13. Drevinek, P. Direct PCR detection of Burkholderia cepacia complex and identification of its genomovars by using sputum as source of DNA / P. Drevinek, H. Hrbackova, O. Cinek, J. Bartosova, O. Nyc, A. Nemec // J. Clin. Mibrobiol. - 2002. - Vol. 40. - P. 3485-3488.

14. Govan, J. R. Evolving epidemiology of Pseudomonas aeruginosa and the Burkholderia cepacia complex in cystic fibrosis lung infection / J. R. Govan, A. R. Brown, A. M. Jones // Future Microbiol. - 2007. - Vol. 2. - P. 153-164.

15. Isles, A. Pseudomonas cepacia infection in cystic fibrosis : an emerging problem / A. Isles, I. Maclusky, M. Corey, R. Gold, C. Prober, P. Fleming, H. Levison // J. Pediatr. - 1984. - Vol. 104. - P. 206-210.

16. LiPuma, J. J. The Changing Microbial Epidemiology in Cystic Fibrosis / J. J. LiPuma // Clin. Microbiol. Rev. - 2010. - Vol. 23, № 2. - P. 299-323.

17. Mahenthiralingam, E. Epidemiology of Burkholderia cepacia infection in patients with cystic fibrosis: analysis by randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting / E. Mahenthiralingam, M. E. Campell, D. A. Henry, D. P. Speert // J. Clin. Microbiol. - 1996. - Vol. 34. - P. 2914-2920.

18. Speert, D. P. Epidemiology of Burkholderia cepacia complex in patients with cystic fibrosis / D. P. Speert, D. Henry, P. Vandamme, M. Corey, E. Mahenthiralingam // Canada Emerg. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 8. - P. 181-187.

19. Sun, L. The emergence of a highly transmissible lineage of cbl+ Pseudomonas (Burkholderia) cepacia causing CF center epidemics in North America and Britain / L. Sun, R. Z. Jiang, S. Steinbach, A. Holmes, C. Campanelli, J. Forstnet, U. Sajjan, Y. Tan, M. Riley, R. Goldstein // Nat. Med. - 1995. - Vol. 1. - P. 661-666.

20. UK Registry Annual Data Report 2008. Bromley, UK: Cystic Fibrosis Trust, 2009.


Review

For citations:


Kondratenko O.V., Viktorov D.A., Toropovskiy A.N., Nazarova Y.V., Zhestkov A.V., Sergienko D.F., Krasovskiy S.A. DEVELOPMENT AND TESTING TEST SYSTEMS FOR THE EARLY DETECTION OF BURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX DNA IN SPUTUM BY POLYMERASE CHAIN REACTION IN CYSTIC FIBROSIS. Astrakhan medical journal. 2019;14(3):71-79. (In Russ.) https://doi.org/10.17021/2019.14.3.71.79

Views: 141


ISSN 1992-6499 (Print)