МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ШТАММОВ BURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ, В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
https://doi.org/10.48612/agmu/2022.17.2.29.35
Аннотация
Представлены выделенные от российских пациентов с муковисцидозом молекулярные характеристики изолятов Burkholderia cepacia complex, включая их клональную принадлежность и носительство генов адаптивной резистентности. Среди представителей Burkholderia cepacia complex, колонизирующих респираторный тракт пациентов с муковисцидозом, преобладающим видом стали изоляты Burkholderia cenocepacia (83 %). Клональная принадлежность буркхолдерий отличалась значительным разнообразием изоляты принадлежали к 10 сиквенс типам. Для 3 изолятов Burkholderia cenocepacia были описаны новые секвенс типы.
Об авторах
Ю. А. Бочарова
Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова
Россия
Россия
А. В. Жестков
Самарский государственный медицинский университет
Россия
Россия
А. В. Лямин
Самарский государственный медицинский университет
Россия
Россия
О. В. Кондратенко
Самарский государственный медицинский университет
Россия
Россия
Т. А. Савинова
Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова
Россия
Россия
С. В. Поликарпова
Городская клиническая больница № 15 им. О.М. Филатова
Россия
Россия
Н. И. Федорова
Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова
Россия
Россия
Н. А. Маянский
Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова
Россия
Россия
И. В. Чеботарь
Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова
Россия
Россия
Список литературы
1. Jones A. M., Dodd M. E., Govan J. R., Barcus V., Doherty C. J., Morris J., Webb A. K. Burkholderia cenocepacia and Burkholderia multivorans: influence on survival in cystic fibrosis // Thorax. 2004. Vol. 59, no. 11. P. 948-951.
2. Nash E. F., Thomas A., Whitmill R., Rashid R., Barker B., Rayner R. J., Whitehouse J. L., Honeybourne D. «Cepacia syndrome» associated with Burkholderia cepacia (genomovar I) infection in an adolescent with cystic fibrosis // Pediatric pulmonology. 2011. Vol. 46, no. 5. P. 512-514.
3. Lynch J. P. Burkholderia cepacia complex: impact on the cystic fibrosis lung lesion // In Seminars in respiratory and critical care medicine. 2009. Vol. 30, no. 5. P. 596-610.
4. Whiteford M. L., Wilkinson J. D., McColl J. H., Conlon F. M., Michie J. R., Evans T. J., Paton J. Y. Outcome of Burkholderia (Pseudomonas) cepacia colonisation in children with cystic fibrosis following a hospital outbreak // Thorax. 1995. Vol. 50, no. 11. P. 1194-1198.
5. Drevinek P., Mahenthiralingam E. Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis: epidemiology and molecular mechanisms of virulence // Clinical Microbiology and Infection. 2010. Vol. 16, no. 7. P. 821-830.
6. Данные с сайта Всероссийской ассоциации для больных муковисцидозом. Регистр больных муковисцидозом в РФ. URL:https://mukoviscidoz.org/doc/registr/site_Registre_2019.pdf.
7. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A. A., Dvorkin M., Kulikov A. S., Lesin V. M., Nikolenko S. I., Pham S., Prjibelski A. D., Pyshkin A. V., Sirotkin A. V., Vyahhi N., Tesler G., Alekseyev M. A., Pevzner P. A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to singlecell sequencing // Journal of Computational Biology. 2012. Vol. 19, no. 5. P. 455-477
8. Lee I., Chalita M., Ha S. M., Na S. I., Yoon S. H., Chun J. ContEst16S: an algorithm that identifies contaminated prokaryotic genomes using 16S RNA gene sequences // International Journal of Systematic and Evolutionary microbiology. 2017. Vol. 67, no. 6. P. 2053-2057.
9. Parks D. H., Imelfort M., Skennerton C. T., Hugenholtz P., Tyson G. W. CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes // Genome Research. 2015. Vol. 25, no. 7. P. 1043-1055.
10. Gurevich A., Saveliev V., Vyahhi N., Tesler G. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies // Bioinformatics. 2013. Vol. 29, no. 8. P. 1072-1075.
11. Tabacchioni S., Ferri L., Manno G., Mentasti M., Cocchi P., Campana S., Ravenni N., Taccetti G., Dalmastri C., Chiarini L., Bevivino A., Fani R. Use of the gyrB gene to discriminate among species of the Burkholderia cepacia complex // FEMS Microbiology Letters. 2008. Vol. 281, no. 2. P. 175-182.
12. Cystic Fibrosis Foundation 2019 report. URL: https://www.cff.org/Research/Researcher-Resources/Patient-Registry/2019-Cystic-Fibrosis-Foundation-Patient-Registry-Snapshot
13. European Cystic Fibrosis Society Patient Registry Annual Data report 2018. URL: https://www.ecfs.eu/sites/default/files/general-content-files/working-groups/ecfspatientregistry/ECFSPR_Report_2018_v1.4.pdf.
14. Воронина О. Л., Чернуха М. Ю., Шагинян И. А., Кунда М. С., Аветисян Л. Р., Орлова А. А., Лунин В. Г., Авакян Л. В., Капранов Н. И., Амелина Е. Л., Чучалин А. Г., Гинцбург А. Л. Характеристика генотипов штаммов Burkholderia cepacia complex, выделенных от больных в стационарах Российской Федерации // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013. № 2. С. 22-30.
15. Кондратенко О. В. Гетерогенность популяции штаммов рода Burkholderia, выделенных от пациентов с муковисцидозом в Российской Федерации // Иммунопатология, аллергология, инфектология. 2019. № 3. С. 71-74.
16. Cipolla L., Rocca F., Martinez C., Aguerre L., Barrios R., Prieto M. Prevalence of Burkholderiacepacia complex species in cystic fibrosis patients in Argentina during the period 2011-2015 // Enfermedades infecciosas y microbiologia clinica (English Edition). 2018. Vol. 36, no. 7. P. 431-434.
17. Kenna D. T. D., Lilley D., Coward A., Martin K., Perry C., Pike R., Hill R., Turton J. F. Prevalence of Burkholderia species, including members of Burkholderia cepacia complex, among UK cystic and noncystic fibrosis patients // Journal of Medical Microbiology. 2017. Vol. 66, no. 4. P. 490-501.
18. Silva I. N., Santos P. M., Santos M. R., Zlosnik J. E., Speert D. P., Buskirk S. W., Bruger E. L., Waters C. M., Cooper V. S., Moreira L. M. Long-Term Evolution of Burkholderia multivorans during a Chronic Cystic Fibrosis Infection Reveals Shifting Forces of Selection // mSystems. 2016. Vol. 1, no. 3. e00029-16.
19. Domingues S., da Silva G. J., Nielsen K. M.Integrons: Vehicles and pathways for horizontal dissemination in bacteria // Mobile Genetic Elements. 2012. Vol. 2, no. 5. P. 211-223.
20. Heuer H., Binh C. T., Jechalke S., Kopmann C., Zimmerling U., Krögerrecklenfort E., Ledger T., Gonzalez B., Top E., Smalla K. IncP-1ε Plasmids are Important Vectors of Antibiotic Resistance Genes in Agricultural Systems: Diversi- fication Driven by Class 1 Integron Gene Cassettes //Frontiers in Microbiology. 2012. Vol. 3. P. 2.
Рецензия
Для цитирования:
Бочарова Ю.А., Жестков А.В., Лямин А.В., Кондратенко О.В., Савинова Т.А., Поликарпова С.В., Федорова Н.И., Маянский Н.А., Чеботарь И.В. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ШТАММОВ BURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ, В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ. Астраханский медицинский журнал. 2022;17(2):29-35. https://doi.org/10.48612/agmu/2022.17.2.29.35
For citation:
Bocharova Y.A., Zhestkov A.V., Lyamin A.V., Kondratenko O.V., Savinova T.A., Polikarpova S.V., Fedorova N.I., Mayansky N.A., Chebotar I.V. ORIGINAL INVESTIGATIONS Original article MOLECULAR EPIDEMIOLOGY OF BURKHOLDERIA CEPACIA COMPLEX STRAINS ISOLATED FROM PATIENTS WITH CYSTIC FIBROSIS IN THE RUSSIAN FEDERATION. Astrakhan medical journal. 2022;17(2):29-35. (In Russ.) https://doi.org/10.48612/agmu/2022.17.2.29.35
Просмотров:
281
Послать статью по эл. почте 