Журнал впервые вышел в свет в ноябре 2006 года. 
"Астраханский медицинский журнал" издается в печатном и электронном видах с периодичностью 4 номера в год. 
С 2010 г. журнал включен в перечень периодических научных и научно-практических изданий, выпускаемых в Российской Федерации и рекомендуемых Высшей аттестационной комиссией (ВАК) для публикации результатов исследований диссертаций на соискание учёных степеней.
Его первым главным редактором был хирург-уролог, доктор медицинских наук (1988 г.), профессор (1990 г.), заведующий кафедрой урологии и нефрологии (1989-2012 гг.), проректор по научной работе (1988-1993 гг. и 1998-2002 гг.), ректор Астраханской государственной медицинской академии (2002-2007 гг.), президент (2007-2011 гг.), профессор кафедры урологии (2012 г.), заслуженный врач Российской Федерации (2002 г.) - Мирошников Валентин Михайлович.
Главным редактором журнала долгое время (2015-2019 гг.) был врач-инфекционист, доктор медицинских наук (1997 г.), профессор (1998 г.), заведующий кафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии (1990 г.), проректор по научной работе (2003-2005 гг.), заместитель министра здравоохранения Астраханской области (2005-2007 гг.), ректор Астраханского медицинского университета (2007-2018 гг.), заслуженный врач Российской Федерации (2007 г.) и республики Ингушетия (2010 г.) - Галимзянов Халил Мингалиевич.  
С 2022 по 2023 гг., главный редактор журнала - заведующий кафедрой акушерства и гинекологии лечебного факультета, доктор медицинских наук, профессор Синчихин Сергей Петрович.
С 2023 г. и по настоящее время главным редактором является заведующая кафедрой клинической фармакологии, доктор медицинских наук, профессор - Умерова Аделя Равильевна.
С 2020 по 2024 гг. редакционную коллегию журнала возглавляла заведующая кафедрой факультетской педиатрии, доктор медицинских наук, профессор Башкина Ольга Александровна. 
С 2024 г. и по настоящее время председателем редакционной коллегии научно-практического журнала является и.о. ректора Астраханского государственного медицинского университета, доктор медицинских наук - Поройский Сергей Викторович.
Заместителем председателя редакционной коллегии является и.о. проректора по научной и инновационной работе, заведующая кафедрой фармакогнозии, фармацевтической технологии и биотехнологии, доктор медицинских наук, профессор Самотруева Марина Александровна.