astmedАстраханский медицинский журналAstrakhan medical journal1992-6499ФГБОУ ВО Астраханский ГМУ Минздрава России10.17021/2020.15.4.57.66astmed-99Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL INVESTIGATIONSФИЛОГЕНЕТИЧЕСКАЯ ГРУППИРОВКА И ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ПРЕДИКТОРЫ БЕТА-ЛАКТАМАЗНОЙ АКТИВНОСТИ ШТАММОВ ESCHERICHIA COLI, ИЗОЛИРОВАННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С ЯЗВЕННЫМ КОЛИТОМPHYLOGENETIC GROUPING AND GENETIC PREDICTORS OF BETA-LACTAMASE ACTIVITY OF ESCHERICHIA COLI STRAINS ISOLATED FROM ULCERATIVE COLITIS PATIENTSКругловЕ. Е.KruglovE. E.krugegr@rambler.ruМакароваМ. А.MakarovaM. A.makmaria@mail.ruМякишеваЮ. В.MyakishevaY. V.krugegr@rambler.ruЖестковА. В.ZhestkovA. V.avzhestkov2015@yandex.ruФГБОУ ВО «Самарский государственный медицинский университет» Минздрава РоссииРоссияSamara State Medical UniversityRussian FederationФБУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаРоссияSaint-Petersburg Pasteur InstituteRussian Federation2020270220231545766Copyright © Круглов Е.Е., Макарова М.А., Мякишева Ю.В., Жестков А.В., 20232023Круглов Е.Е., Макарова М.А., Мякишева Ю.В., Жестков А.В.Kruglov E.E., Makarova M.A., Myakisheva Y.V., Zhestkov A.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.astmedj.ru/jour/article/view/99

Изучено состояние антибиотикорезистентности на фенотипическом уровне, рассмотрены молекулярно-генетические механизмы, обусловливающие устойчивость к антибиотикам бета-лактамного ряда в филогенетических группах штаммов Escherichia coli. Практическая часть исследования предполагала накопление музея культур, состоящего из 87 штаммов Escherichia coli. Эти штаммы были выделены из биоптатов слизистой оболочки толстого кишечника 46 пациентов с язвенным колитом, находившихся на лечении или амбулаторном обследовании в 2016-2020 гг. в клиниках Самарского государственного медицинского университета. В соответствии с общепринятыми методиками была оценена активность спектра антибактериальных препаратов, представленных в Национальных клинических рекомендациях. С использованием методов полимеразной цепной реакции проведена индикация генов бета-лактамазы расширенного спектра, произведено разделение на филогенетические группы, описаны авторские программные и патентные решения.

The state of antibiotic resistance at the phenotypic level has been studied, molecular genetic mechanisms leading to resistance to beta-lactam antibiotics in phylogenetic groups of Escherichia coli strains have been considered. The practical part of the study involved the accumulation of a culture museum consisting of 87 strains of Escherichia coli. These strains were isolated from biopsies of the large intestine mucosa of 46 patients with ulcerative colitis who were under treatment or outpatient examination in 2016-2020 at the clinics of Samara State Medical University. According to conventional techniques, the activity of the spectrum of antibacterial drugs presented in the National Clinical Guidelines was evaluated. Using polymerase chain reaction methods, extended-spectrum beta-lactamase genes were indicated, phylogenetic groups were separated, author's software and patent solutions were described.

детерминанты патогенностиантибиотикорезистентностьгены бета-лактамазы расширенного спектрафилогенетические группыязвенный колитEscherichia coliReferencesДавыдова, О. Е. Тактика ведения пациентов с язвенным колитом с учетом микробиологического исследования биоптатов стенки толстой кишки / О. Е. Давыдова, П. С. Андреев, С. Е. Каторкин, А. В. Лямин, И. В. Киселева, С. А. Быстров, Л. А. Личман // Российский медико-биологический вестник имени академика И. П. Павлова. - 2018. - Т. 26, №1. - С. 59-69.Давыдова, О. Е. Тактика ведения пациентов с язвенным колитом с учетом микробиологического исследования биоптатов стенки толстой кишки / О. Е. Давыдова, П. С. Андреев, С. Е. Каторкин, А. В. Лямин, И. В. Киселева, С. А. Быстров, Л. А. Личман // Российский медико-биологический вестник имени академика И. П. Павлова. - 2018. - Т. 26, №1. - С. 59-69.Ивашкин, В. Т. Рекомендации Российской гастроэнтерологической ассоциации и Ассоциации колопроктологов России по диагностике и лечению взрослых и больных язвенным колитом / В. Т. Ивашкин, Ю. А. Шелыгин, Д. И. Абдулганиева, Р. А. Абдулхаков, О. П. Алексеева, С. И. Ачкасов, А. Ю. Барановский, Е. А. Белоусова, О. В. Головенко, Е. Г. Григорьев, Н. В. Костенко, Т. Л. Лапина, И. В. Маев, А. И. Москалев, А. А. Низов, Н. Н. Николаева, М. Ф. Осипенко, В. В. Павленко, А. И. Парфенов, Е. А. Полуэктова, В. Г. Румянцев, В. М. Тимербулатов, А. С. Тертычный, А. В. Ткачев, А. С. Трухманов, А. Л. Халиф, Д. А. Хубезов, Е. Ю. Чашкова, О. С. Шифрин, О. Б. Щукина // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2015. - № 1. - С. 48-65.Ивашкин, В. Т. Рекомендации Российской гастроэнтерологической ассоциации и Ассоциации колопроктологов России по диагностике и лечению взрослых и больных язвенным колитом / В. Т. Ивашкин, Ю. А. Шелыгин, Д. И. Абдулганиева, Р. А. Абдулхаков, О. П. Алексеева, С. И. Ачкасов, А. Ю. Барановский, Е. А. Белоусова, О. В. Головенко, Е. Г. Григорьев, Н. В. Костенко, Т. Л. Лапина, И. В. Маев, А. И. Москалев, А. А. Низов, Н. Н. Николаева, М. Ф. Осипенко, В. В. Павленко, А. И. Парфенов, Е. А. Полуэктова, В. Г. Румянцев, В. М. Тимербулатов, А. С. Тертычный, А. В. Ткачев, А. С. Трухманов, А. Л. Халиф, Д. А. Хубезов, Е. Ю. Чашкова, О. С. Шифрин, О. Б. Щукина // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2015. - № 1. - С. 48-65.Каторкин, С. Е. Комплексная характеристика клинических, патоморфологических, микробиологических особенностей язвенного колита / С. Е. Каторкин, А. В. Жестков, Г. Н. Суворова, Ю. В. Мякишева, А. В. Лямин, П. С. Андреев, О. Е. Давыдова // Военно-медицинский журнал. - 2019. - Т. 340, № 10. - С. 68-71.Каторкин, С. Е. Комплексная характеристика клинических, патоморфологических, микробиологических особенностей язвенного колита / С. Е. Каторкин, А. В. Жестков, Г. Н. Суворова, Ю. В. Мякишева, А. В. Лямин, П. С. Андреев, О. Е. Давыдова // Военно-медицинский журнал. - 2019. - Т. 340, № 10. - С. 68-71.Суворова, Г. Н. Гистологическая картина и микробный пейзаж при язвенном колите / Г. Н. Суворова, Ю. В. Мякишева, С. Е. Каторкин, П. С. Андреев, О. Е. Давыдова, А. В. Лямин, П. А. Сухачев // Вестник новых медицинских технологий - 2018. - Т. 25, № 4. - С. 170-175.Суворова, Г. Н. Гистологическая картина и микробный пейзаж при язвенном колите / Г. Н. Суворова, Ю. В. Мякишева, С. Е. Каторкин, П. С. Андреев, О. Е. Давыдова, А. В. Лямин, П. А. Сухачев // Вестник новых медицинских технологий - 2018. - Т. 25, № 4. - С. 170-175.Barrios-Villa, E. Comparative genomics of a subset of Adherent/Invasive Escherichia coli strains isolated from individuals without inflammatory bowel disease / E. Barrios-Villa, C. F. Martínez de la Peña, P. Lozano-Zaraín, M. A. Cevallos, C. Torres, A. G. Torres, R. D. C. Rocha-Gracia // Genomics. - Vol. 112, № 2 - 2020. - P. 1813-1820.Barrios-Villa, E. Comparative genomics of a subset of Adherent/Invasive Escherichia coli strains isolated from individuals without inflammatory bowel disease / E. Barrios-Villa, C. F. Martínez de la Peña, P. Lozano-Zaraín, M. A. Cevallos, C. Torres, A. G. Torres, R. D. C. Rocha-Gracia // Genomics. - Vol. 112, № 2 - 2020. - P. 1813-1820.Bukato, O. Proteomic dataset : Profiling of membrane fraction of Escherichia coli isolated from Crohn's disease patients after adhesion and invasion experiments / O. Bukato, O. Pobeguts, D. Rakitina, J. Baikova, I. Butenko, A. Silantyev, G. Fisunov, V. Govorun // Data in Brief. - 2019. - Vol. 27. - Article 104417. doi: 10.1016/j.dib.2019.104417.Bukato, O. Proteomic dataset : Profiling of membrane fraction of Escherichia coli isolated from Crohn's disease patients after adhesion and invasion experiments / O. Bukato, O. Pobeguts, D. Rakitina, J. Baikova, I. Butenko, A. Silantyev, G. Fisunov, V. Govorun // Data in Brief. - 2019. - Vol. 27. - Article 104417. doi: 10.1016/j.dib.2019.104417.Chiu, C. C. Etiologies of community-onset urinary tract infections requiring hospitalization and antimicrobial susceptibilities of causative microorganisms / C. C. Chiu, T. C. Lin, R. X. Wu, Y. S. Yang, P. J. Hsiao, Y. Lee, J. C. Lin, F. Y. Chang // Journal of Microbiology, Immunology, and Infection. - 2017. - Vol. 50, № 6. - P. 879-885. doi: 10.1016/j.jmii.2016.08.008.Chiu, C. C. Etiologies of community-onset urinary tract infections requiring hospitalization and antimicrobial susceptibilities of causative microorganisms / C. C. Chiu, T. C. Lin, R. X. Wu, Y. S. Yang, P. J. Hsiao, Y. Lee, J. C. Lin, F. Y. Chang // Journal of Microbiology, Immunology, and Infection. - 2017. - Vol. 50, № 6. - P. 879-885. doi: 10.1016/j.jmii.2016.08.008.Clermont, O. Rapid and simple determination of the Escherichia coli phylogenetic group / O. Clermont, S. Bonacorsi, E. Bingen // Applied and environmental microbiology. - 2000 - Vol. 66, № 10. - P. 4555-4558. doi: 10.1128/aem.66.10.4555-4558.2000.Clermont, O. Rapid and simple determination of the Escherichia coli phylogenetic group / O. Clermont, S. Bonacorsi, E. Bingen // Applied and environmental microbiology. - 2000 - Vol. 66, № 10. - P. 4555-4558. doi: 10.1128/aem.66.10.4555-4558.2000.Clermont, O. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups / O. Clermont, J. K. Christenson, E. Denamur, D. M. Gordon // Environmental Microbiology Reports. - 2013. - Vol. 5, № 1. - P. 58-65.Clermont, O. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups / O. Clermont, J. K. Christenson, E. Denamur, D. M. Gordon // Environmental Microbiology Reports. - 2013. - Vol. 5, № 1. - P. 58-65.Clermont, O. Guide to the various phylogenetic classification schemes for Escherichia coli and the correspondence among schemes / O. Clermont, D. Gordon, E. Denamur // Microbiology. - 2015. - Vol. 161, № 5. - P. 980-988.Clermont, O. Guide to the various phylogenetic classification schemes for Escherichia coli and the correspondence among schemes / O. Clermont, D. Gordon, E. Denamur // Microbiology. - 2015. - Vol. 161, № 5. - P. 980-988.Costa, R. F. A. Characterization of mucosa-associated Escherichia coli strains isolated from Crohn’s disease patients in Brazil / R. F. A. Costa, M. L. A. Ferrari, M. Bringer, A. Darfeuille-Michaud, F. S. Martins, N. Barnich // BMC Microbiology. - 2020. - Vol. 20 (1). - P. 178. doi: 10.1186/s12866-020-01856-x.Costa, R. F. A. Characterization of mucosa-associated Escherichia coli strains isolated from Crohn’s disease patients in Brazil / R. F. A. Costa, M. L. A. Ferrari, M. Bringer, A. Darfeuille-Michaud, F. S. Martins, N. Barnich // BMC Microbiology. - 2020. - Vol. 20 (1). - P. 178. doi: 10.1186/s12866-020-01856-x.Coura, F. M. Phylogenetic Group Determination of Escherichia coli Isolated from Animals Samples / F. M. Coura, S. de Araújo Diniz, M. X. Silva, J. M. S. Mussi, S. M. Barbosa, A. P. Lage, M. B. Heinemann // The Scientific World Journal - 2015. - Vol. 2015. - Article ID 258424, 4 pages. doi: 10.1155/2015/258424.Coura, F. M. Phylogenetic Group Determination of Escherichia coli Isolated from Animals Samples / F. M. Coura, S. de Araújo Diniz, M. X. Silva, J. M. S. Mussi, S. M. Barbosa, A. P. Lage, M. B. Heinemann // The Scientific World Journal - 2015. - Vol. 2015. - Article ID 258424, 4 pages. doi: 10.1155/2015/258424.da Silva Santos, A. C. Escherichia coli from Crohn's disease patient displays virulence features of enteroinvasive (EIEC), enterohemorragic (EHEC), and enteroaggregative (EAEC) pathotypes / A. C. da Silva Santos, F. Gomes Romeiro, L. Yukie Sassaki, J. Rodrigues // Gut Pathog. - 2015. - Vol. 7, № 1. - P. 2. doi: 10.1186/s13099-015-0050-8.da Silva Santos, A. C. Escherichia coli from Crohn's disease patient displays virulence features of enteroinvasive (EIEC), enterohemorragic (EHEC), and enteroaggregative (EAEC) pathotypes / A. C. da Silva Santos, F. Gomes Romeiro, L. Yukie Sassaki, J. Rodrigues // Gut Pathog. - 2015. - Vol. 7, № 1. - P. 2. doi: 10.1186/s13099-015-0050-8.De la Fuente, M. Escherichia coli isolates from inflammatory bowel diseases patients survive in macrophages and activate NLRP3 inflammasome / M. De la Fuente, L. Franchi, D. Araya, D. Diaz-Jimenez, M. Olivares, M. Alvarez-Lobos, D. Golenbock, M. J. Gonzalez, F. Lopez-Kostner, R. Quera, G. Nunez, R. Vidal, M. A. Hermoso // International journal of medical microbiology. - 2014. - Vol. 304, № 3-4. - P. 384-392. doi: 10.1016/j.ijmm.2014.01.002.De la Fuente, M. Escherichia coli isolates from inflammatory bowel diseases patients survive in macrophages and activate NLRP3 inflammasome / M. De la Fuente, L. Franchi, D. Araya, D. Diaz-Jimenez, M. Olivares, M. Alvarez-Lobos, D. Golenbock, M. J. Gonzalez, F. Lopez-Kostner, R. Quera, G. Nunez, R. Vidal, M. A. Hermoso // International journal of medical microbiology. - 2014. - Vol. 304, № 3-4. - P. 384-392. doi: 10.1016/j.ijmm.2014.01.002.Galazzo, G. Fecal microbiota dynamics and its relation with disease course in Crohn's disease / G. Galazzo, D. I. Tedjo, D. S. J. Wintjens, P. H. M. Savelkoul, Ad. A. M. Masclee, A. G. L. Bodelier, M. J. Pierik, D. M. A. E. Jonkers, J. Penders // Journal of Crohn's and Colitis. - 2019. - Vol. 13, № 10. - P. 1273-1282. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjz049.Galazzo, G. Fecal microbiota dynamics and its relation with disease course in Crohn's disease / G. Galazzo, D. I. Tedjo, D. S. J. Wintjens, P. H. M. Savelkoul, Ad. A. M. Masclee, A. G. L. Bodelier, M. J. Pierik, D. M. A. E. Jonkers, J. Penders // Journal of Crohn's and Colitis. - 2019. - Vol. 13, № 10. - P. 1273-1282. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjz049.Glassner, K. L. The microbiome and inflammatory bowel disease / K. L. Glassner, B. P. Abraham, E. M. M. Quigley // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2020. - Vol. 145, № 1. - P. 16-27. doi: 10.1016/j.jaci.2019.11.003.Glassner, K. L. The microbiome and inflammatory bowel disease / K. L. Glassner, B. P. Abraham, E. M. M. Quigley // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2020. - Vol. 145, № 1. - P. 16-27. doi: 10.1016/j.jaci.2019.11.003.Iranpour, D. Phylogenetic groups of Escherichia coli strains from patients with urinary tract infection in Iran based on the new Clermont phylotyping method / D. Iranpour, M. Hassanpour, H. Ansari, S. Tajbakhsh, G. Khamisipour, A. Najafi // Biomed Research International - 2015. - Vol. 2015. - Article ID 846219. doi: 10.1155/2015/846219.Iranpour, D. Phylogenetic groups of Escherichia coli strains from patients with urinary tract infection in Iran based on the new Clermont phylotyping method / D. Iranpour, M. Hassanpour, H. Ansari, S. Tajbakhsh, G. Khamisipour, A. Najafi // Biomed Research International - 2015. - Vol. 2015. - Article ID 846219. doi: 10.1155/2015/846219.Jameel, N. U. Multidrug resistant AmpCβ-lactamase producing Escherichia coli isolated from a paediatric hospital / N. U. Jameel, H. Ejaz, A. Zafar, H. Amin // Pakistan journal of medical sciences. - 2014. - Vol. 30, № 1. - P. 181-184. doi: 10.12669/pjms.301.4045.Jameel, N. U. Multidrug resistant AmpCβ-lactamase producing Escherichia coli isolated from a paediatric hospital / N. U. Jameel, H. Ejaz, A. Zafar, H. Amin // Pakistan journal of medical sciences. - 2014. - Vol. 30, № 1. - P. 181-184. doi: 10.12669/pjms.301.4045.Jensen, S. R. Distinct inflammatory and cytopathic characteristics of Escherichia coli isolates from inflammatory bowel disease patients / S. R. Jensen, H. C. Mirsepasi-Lauridsen, A. H. Thysen, J. Brynskov, K. A. Krogfelt, A. M. Petersen, A. E. Pedersen, S. Brix // International Journal of Medical Microbiology. - 2015. - Vol. 305, № 8. - P. 925-936.Jensen, S. R. Distinct inflammatory and cytopathic characteristics of Escherichia coli isolates from inflammatory bowel disease patients / S. R. Jensen, H. C. Mirsepasi-Lauridsen, A. H. Thysen, J. Brynskov, K. A. Krogfelt, A. M. Petersen, A. E. Pedersen, S. Brix // International Journal of Medical Microbiology. - 2015. - Vol. 305, № 8. - P. 925-936.Lane, E. R. The microbiota in inflammatory bowel disease: current and therapeutic insights / E. R. Lane, T. L. Zisman, D. L. Suskind // Journal of inflammation research - 2017. - Vol. 2017, № 10. - P. 63-73.Lane, E. R. The microbiota in inflammatory bowel disease: current and therapeutic insights / E. R. Lane, T. L. Zisman, D. L. Suskind // Journal of inflammation research - 2017. - Vol. 2017, № 10. - P. 63-73.Ledder, O. Antibiotics in inflammatory bowel diseases: do we know what we're doing / O. Ledder // Translational pediatrics. - 2019. - Vol. 8, № 1. - P. 42-55. doi: 10.21037/tp.2018.11.02.Ledder, O. Antibiotics in inflammatory bowel diseases: do we know what we're doing / O. Ledder // Translational pediatrics. - 2019. - Vol. 8, № 1. - P. 42-55. doi: 10.21037/tp.2018.11.02.Mir, R. A. Identification and Characterization of Cefotaxime Resistant Bacteria in Beef Cattle / R. A. Mir, T. A. Weppelmann, J. A. Johnson, D. Archer, J. G. Jr. Morris, K. C. Jeong // PLoS One. - 2016. - Vol. 11, № 9. - e0163279. doi: 10.1371/journal.pone.0163279.Mir, R. A. Identification and Characterization of Cefotaxime Resistant Bacteria in Beef Cattle / R. A. Mir, T. A. Weppelmann, J. A. Johnson, D. Archer, J. G. Jr. Morris, K. C. Jeong // PLoS One. - 2016. - Vol. 11, № 9. - e0163279. doi: 10.1371/journal.pone.0163279.Molodecky, N. A. Increasing Incidence and Prevalence of the Inflammatory Bowel Diseases With Time, Based on Systematic Review / N. A. Molodecky, I. S. Soon, D. M. Rabi, A. G. William, M. Ferris, G. Chernoff, E. I. Benchimol, R. Panaccione, S. Ghosh, H. W. Barkema, G. G. Kaplan // Gastroenterology. - 2012. - Vol. 142, № 1. - p. 46-54. e42.Molodecky, N. A. Increasing Incidence and Prevalence of the Inflammatory Bowel Diseases With Time, Based on Systematic Review / N. A. Molodecky, I. S. Soon, D. M. Rabi, A. G. William, M. Ferris, G. Chernoff, E. I. Benchimol, R. Panaccione, S. Ghosh, H. W. Barkema, G. G. Kaplan // Gastroenterology. - 2012. - Vol. 142, № 1. - p. 46-54. e42.Reid, C. J. Porcine commensal Escherichia coli: A reservoir for class 1 integrons associated with IS26 / C. J. Reid, E. R. Wyrsch, P. R. Chowdhury, T. Zingali, M. Liu, A. E Darling, T. A. Chapman, S. P. Djordjevic // Microbial genomics. - 2017. - Vol. 3, № 12. - Article ID e000143. - 13 pages. doi:10.1099/mgen.0.000143.Reid, C. J. Porcine commensal Escherichia coli: A reservoir for class 1 integrons associated with IS26 / C. J. Reid, E. R. Wyrsch, P. R. Chowdhury, T. Zingali, M. Liu, A. E Darling, T. A. Chapman, S. P. Djordjevic // Microbial genomics. - 2017. - Vol. 3, № 12. - Article ID e000143. - 13 pages. doi:10.1099/mgen.0.000143.Sarowska, J. Virulence factors, prevalence and potential transmission of extraintestinal pathogenic Escherichia coli isolated from different sources: Recent reports / J. Sarowska, B. Futoma-Koloch, A. Jama-Kmiecik, M. Frej-Madrzak, M. Ksiazczyk, G. Bugla-Ploskonska, I. Choroszy-Krol // Gut Pathogens. - 2019. - Vol. 11, № 10. doi: 10.1186/s13099-019-0290-0Sarowska, J. Virulence factors, prevalence and potential transmission of extraintestinal pathogenic Escherichia coli isolated from different sources: Recent reports / J. Sarowska, B. Futoma-Koloch, A. Jama-Kmiecik, M. Frej-Madrzak, M. Ksiazczyk, G. Bugla-Ploskonska, I. Choroszy-Krol // Gut Pathogens. - 2019. - Vol. 11, № 10. doi: 10.1186/s13099-019-0290-0Sasaki, M. Invasive Escherichia coli are a feature of Crohn's disease / M. Sasaki, S. V. Sitaraman, B. A. Babbin, P. Gerner-Smidt, E. M. Ribot, N. Garrett, J. A. Alpern, A. Akyildiz, A. L. Theiss, A. Nusrat, J. A. Klapproth // Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology. - 2007. - Vol. 87, № 10. - P. 1042-1054. doi: 10.1038/labinvest.3700661.Sasaki, M. Invasive Escherichia coli are a feature of Crohn's disease / M. Sasaki, S. V. Sitaraman, B. A. Babbin, P. Gerner-Smidt, E. M. Ribot, N. Garrett, J. A. Alpern, A. Akyildiz, A. L. Theiss, A. Nusrat, J. A. Klapproth // Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology. - 2007. - Vol. 87, № 10. - P. 1042-1054. doi: 10.1038/labinvest.3700661.Theede, K. Fecal Calprotectin Predicts Relapse and Histological Mucosal Healing in Ulcerative Colitis / K. Theede, S. Holck, P. Ibsen, T. Kallemose, I. Nordgaard-Lassen, A. M. Nielsen // Inflammatory Bowel Diseases. - 2016. - Vol. 22, № 5. - P. 1042-1048. doi: 10.1097/MIB.0000000000000736.Theede, K. Fecal Calprotectin Predicts Relapse and Histological Mucosal Healing in Ulcerative Colitis / K. Theede, S. Holck, P. Ibsen, T. Kallemose, I. Nordgaard-Lassen, A. M. Nielsen // Inflammatory Bowel Diseases. - 2016. - Vol. 22, № 5. - P. 1042-1048. doi: 10.1097/MIB.0000000000000736.Tyakht, A. V. Rural and urban microbiota: To be or not to be? / A. V. Tyakht, D. G. Alexeev, A. S. Popenko, E. S. Kostryukova, V. M. Govorun // Gut Microbes. - 2014. - Vol. 5, № 3. - P. 351-356.Tyakht, A. V. Rural and urban microbiota: To be or not to be? / A. V. Tyakht, D. G. Alexeev, A. S. Popenko, E. S. Kostryukova, V. M. Govorun // Gut Microbes. - 2014. - Vol. 5, № 3. - P. 351-356.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.