Публикации в журнале «Астраханский медицинский журнал» входят в системы расчётов индексов цитирования авторов и журналов. «Индекс цитирования» — числовой показатель, характеризующий значимость данной статьи и вычисляющийся на основе последующих публикаций, ссылающихся на данную работу.

Журнал индексируется в системах:

• Российская государственная библиотека (РГБ)
• Российский индекс научного цитирования (РИНЦ)
• Cyberleninka
• WorldCat
• NLM Catalog (National Library of Medicine)
• Ulrich's Periodicals Directory
• CAS (Chemical Abstracts Service)
• International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE)
• Google Scholar